Staden har en befolkning på 120.000 och är den femte största i Grekland. Heraklion i gamla tider fungerade som en hamn för Knossos, men det är bara i 9: e århundradet som det framkommit att det är en stad som grundades av saracenerna.
Heraklion blev centrum för slavhandeln i Medelhavet, men kort efter övertogs det av venetianarna som byggde enorma befästningsmurar som kallas Kandax och som senare parafraserade för att bli Candia. Under fyra århundraden av den venetianska ockupationen av Kreta, blev många byggnader uppförda som är utmärkta exempel på venetiansk arkitektur från den tiden, och många av dem finns även kvar idag.
Basilica di San Marco och Loggia är två sådana exemplar, medans Morozini fontän med sina fyra lejon även har gett sitt namn åt den centrala platsen i staden.Heraklion är mycket privilegierat idag, att ha i sin stadsdelslista, kända namn som Knossos, och den mest framträdande staden med den minoiska eran. Kopplat direkt till Knossos, är Heraklion arkeologiska museum den med de flesta fynd inte bara från Knossos men även andra minoiska palats som Phaestos i söder, Malia i öster och Zakros vid yttersta delen öster om Kreta.
