Byen har omkring 120.000 indbyggere og er den femte største by i Grækenland. Heraklion var i tidliger tider havn for Knossos, men først i den 9.århundrede blev byen grundlagt af sacenserne.
Heraklion blev center for slavehandel i middelhavsområdet, men blev hurtigt overtaget af venetianerne, som byggede store fæstningsmure kaldet Kandax, som senere blev omskrevet til Candia. Gennem fire århundreder under venetiansk besættelse af Kreta, opførtes mange bygninger med udmærket eksempler på den venetianske arkitektur på den tid, og mange af dem eksisterer den dag i dag.
Basilica di San Marco og Loggia er to eksempler, mens Morozini springvandet blot har lagt navn til det centrale torv i byen.
Heraklion er meget priviligeret i dag, ved af have sit statslige kendte Knossos der er den mest prominente by i fra den minoiske tid. Direkte forbundet med Knossos er Heraklions arkæologiske musæum der ikke kun har de fleste fund fra Knossos, men også fra andre minoiske paladser som Phaestos i syd, Malia i øst og Zakros i det aller yderste østlige Kreta.
